Zasadniczo, rozwarstwienie wody i różnice w zasoleniu, w wypadku wadliwie skostruowanego sumpa - jak Twojego, była by możliwa, pod warunkiem że komora miała by wysokośc dużo większą. Może tutaj dochodzi do głosu różnica w przepływie? Albo w wysokości komór?
No chyba że soliłeś wodę w akwarium i jakimścudem, w tej komorze osadziła się nie rozpuszczona sól, ale to już dawno powinno się wyrównać.
ps. popraw sump, bo z tego co widzę, masz spadek i wylot górą, więc stworzyłeś odstojnik. Do refugium optymalny będzie wlot dołem - samym dołem i wylot górą. Wtedy zapewnisz równomierny przepływ wody i śmieci nie będą wracały do obiegu. Przy ceramice też tak powinno być. Najlepiej było by podnieść przegrodę na 2 cm (co najmniej) i wstawić kratkę rastrową na dnie, na jakichś nóżkach - na wysokości granicy dolnej szkła.